| Department of Natural Sciences
40 % Department of Veterinary Pathobiology 20 % Department of Basic Animal and Veterinary Sciences 20 % Department of Plant Biology 20 % | |||||||||||||||||
| Earliest Possible Year | |||||||||||||||||
| Duration | 1 semester | ||||||||||||||||
| Credits | 6 (ECTS) | ||||||||||||||||
| Course Level | Joint BSc and MSc | ||||||||||||||||
| Examination | evaluation of project report Aid allowed Description of Examination: pass/fail, internal examiner | ||||||||||||||||
| Organisation of Teaching | Forelæsninger: 1 modul Øvelser: 4 timer Miniprojekt med rapportskrivning under vejledning og fremlæggelse ved seminar. | ||||||||||||||||
| Block Placement | E4, efterår Mandag 13-17 | ||||||||||||||||
| Teaching Language | Danish | ||||||||||||||||
| Optional Prerequisites | 010611 Statistics, Basic Course Kursus i et eller flere af fagene datalogi, genetik og molekylærcellebiologi | ||||||||||||||||
| Restrictions | 30 (Dog ingen deltagerbegrænsning for studerende på Biologi-Bioteknologiuddannelsen) | ||||||||||||||||
| Course Objectives | |||||||||||||||||
| Bioinformatik omhandler statistisk og datamatisk behandling af biologiske data, især arvemateriale, f.eks. genkort, sekvensdata (DNA, RNA og aminosyresekvenser) og ekspressionprofiler. Mængden af sådanne data vokser eksponentielt i disse år, men hvad kan man bruge de indsamlede data til, hvordan går man rent praktisk til værks, hvordan virker de benyttede computerprogrammer, og hvad er den underliggende statistiske teori? | |||||||||||||||||
| Course Contents | |||||||||||||||||
| Kurset søger at besvare de under kursusmål nævnte spørgsmål gennem forelæsninger og øvelser om bl.a. følgende emner: 1. Hvilke sekvensdatabaser der findes tilgængelige på Internettet. 2. Hvordan man søger i eksisterende sekvensdatabaser med Blast- og Fasta-algoritmerne. 3. Hvordan de fundne data kan bruges til at opbygge fylogenetiske træer (slægtstræer) for organismerne. 4. Hvordan sekvensalignment og sekvenssøgealgoritmer for DNA/RNA og aminosyresekvenser er organiseret i computeren (Needleman-Wunsch og Smith-Waterman algoritmerne, Blast), og hvordan man tolker resultatet af en søgning. 5. Hvordan man finder gener i sekvenser. 6. Hvordan man finder udtrykte gener og ekspressionsprofiler, fx ved brug af microarrays. 7. Hvordan man finder ud af hvilke dele af genomet der bestemmer hvilke fænotypiske træk, med genkort og koblingsanalyser for kvalitative og kvantitative egenskaber. KVLs fagområder benytter i stigende omfang genetiske metoder, herunder biosekvensdatabaser og sekventeringsmaskiner, som involverer "black box" programmer. For at forstå og kritisk vurdere de resultater man får fra disse programmer, er det nødvendigt at have en vis viden om de bagvedliggende statistiske og datalogiske metoder. Kurset vil søge at tilvejebringe denne viden til a) Studerende med vist kendskab til genetik og molekylærbiologi der vil lære at søge på sekvensdata. b) Studerende der allerede anvender sekvensdatabaser osv., men gerne vil have bedre indblik i statistikken og datalogien bagved, for bedre at kunne tolke de fundne resultater. c) Studerende med kendskab til statistik og datalogi der vil lære at bruge disse fag inden for bioinformatik. | |||||||||||||||||
| Teaching And Learning Methods | |||||||||||||||||
| Forelæsninger, praktiske computerøvelser og opgaver benyttes især i første halvdel af kurset til at lære at arbejde med sekvensdata, algoritmer og genetiske databaser samt til at lære dele af den teori der ligger bag. Et miniprojekt (gruppearbejde med 2-4 deltagere) med hovedvægt i kursets sidste halvdel giver mulighed for at gå mere i dybden med et foretrukkent emne. | |||||||||||||||||
| Course Litterature | |||||||||||||||||
| Jean-Michel Claverie and Cedric Notredame: Bioinformatics for Dummies. John Wiley and Sons, 2003. ISBN: 0764516965 R Durbin, S Eddy, A Krogh and G Mitchison.Biological sequence analysis. Cambridge University Press 1998 (Seventh printing 2002). ISBN: 0521629713 | |||||||||||||||||
| Course Coordinator | |||||||||||||||||
| Mats Erik Rudemo, mru@life.ku.dk, Department of Natural Sciences/Statistik, Phone: 35332336 | |||||||||||||||||
| Study Board | |||||||||||||||||
| Study Committee NSN | |||||||||||||||||
| Course Scope | |||||||||||||||||
| |||||||||||||||||