| Department of Ecology | |||||||||||||||||||||
| Earliest Possible Year | |||||||||||||||||||||
| Duration | 1 semester | ||||||||||||||||||||
| Credits | 24 (ECTS) | ||||||||||||||||||||
| Course Level | MSc | ||||||||||||||||||||
| Examination | oral examination Aid allowed Description of Examination: 13-point scale, external examiner | ||||||||||||||||||||
| Organisation of Teaching | |||||||||||||||||||||
| Block Placement | Fsup, forår Laboratorieøvelser i ugerne 11-12 (medio marts) og 19-20 (medio maj) | ||||||||||||||||||||
| Teaching Language | Danish | ||||||||||||||||||||
| Optional Prerequisites | 045319 | ||||||||||||||||||||
| Restrictions | 16 | ||||||||||||||||||||
| Course Objectives | |||||||||||||||||||||
| Temaet i Jordbundsmikrobiologi omhandler emner med relation til plantedyrkning, miljø og naturressourcer i jordbruget, f.eks. mikroorganismernes rolle som plantebeskyttere og -vækstfremmere, nedbrydere af organisk materiale og fremmedstoffer, og omsættere af næringsstoffer i jordbunden. Kurset giver et dybtgående indblik i mikroorganismernes diversitet, aktivitet og vækst i jordbunden og på planternes rødder. | |||||||||||||||||||||
| Course Contents | |||||||||||||||||||||
| Temaet omfatter teoretisk og praktisk undervisning, og vil både behandle de grundlæggende, generelle emner inden for fagområdet og en række specielle emner, der knytter sig til det praktiske og moderne jordbrug. Blandt emneområderne er: 1. Jordbundsbakteriernes og mikrosvampenes metabolisme og vækstaktivitet, f.eks. regulerende faktorer, betydning af fysiologisk tilpasning under stress, dannelse af dværg-bakterier, differentiering af mikrosvampes mycelium, og forekomst af levende men ikke-dyrkbare bakterier. Definition af overlevelses- og dødskriterier for mikroorganismerne. 2. Klassifikation og identifikation af naturlige, dyrkbare isolater af jordbundsbakterier ved anvendelse af klassiske fæno- og genotypningsmetoder, samt moderne DNA-baserede metoder. 3. Lokalisering af naturlige og inokulerede bakterier i jordprøver og på planterødder ved anvendelse af specifikke detektionsmetoder (fluorescerende antistoffer, hybridiserings-prober og markør-gener). 4. Påvisning af komplicerede, molekylære samspil mellem bakterier og mikrosvampe på planteoverflader, f.eks. mikroorganismernes dannelse af antibiotika og andre "kampstoffer", bakteriers rodkolonisering og mikrokoloni-dannelse på "rhizoplanet" og overlevelse i "rhizosfæren", bakteriers etablering af symbioser i planterødder(kvælstof-fikserende bakterier). 5. Metoder til måling af udvalgte mikroorganismers stofomsætning i jordbunden (isotopteknikker, bioassays, mv.). 6. Vurdering af effekter af forureningsstoffer på de naturlige mikrobielle samfund i jordbunden. Anvendelse af bioassays (rapportør-bakterier) til økotoksikologiske studier af fremmedstoffer. Fordele og risici ved bioteknologisk´anvendelse af genetisk modificerede eller naturligt forkommende mikroorganismer i jordbruget. | |||||||||||||||||||||
| Teaching And Learning Methods | |||||||||||||||||||||
| Kursets generelle del behandles ved ca. 15 forelæsninger, hvortil er knyttet uddybende kollokvier. Ved kollokvierne lægges vægt på fagområdets aktuelle problemstillinger og arbejdsmetoder, inkl. datatolkning og fremstilling. Kollokvierne har den primære, videnskabelige artikel som udgangspunkt, og den studerende lærer her en dybtgående og eksperimentel tænkning inden for faget, med vægt på kritisk sans over for kildematerialet. Til yderligere opnåelse af metodeindsigt gennemfører den studerende det første (af to) eksperimentelle øvelseskurser (ca. 2 uger, marts måned) til praktisk indlæring af de vigtigste og nyeste af fagområdets metoder. De ialt 3 ekskursioner under temaet tjener yderligere til at give den studerende indblik i arbejdet ved andre danske institutioner, der har forskning i jordbundsmikrobiologi som væsentligt element. I den specielle del af temaet bidrager den studerende (grupper af minimum 2 studerende) med egne emneforslag, dels til et større, teoretisk projektarbejde og dels til afsluttende, praktiske laboratorieøvelser (ca. 2 uger, medio maj) inden for det valgte emne. I undervisningen trænes her den studerendes egen formulering af idé og emne, litteratursøgning, disposition og formulering af en detaljeret tekst inden for fagområdet. I de tilknyttede øvelser indøver den studerende endelig en eksperimentel løsning på et problem inden for emnet, inkl. valg af metode, forsøgsopstilling, dataindsamling og -tolkning, mv. Den specielle del af kurset afsluttes med en rapport (inkl. teoretisk projektarbejde og tilknyttede laboratorieøvelser). | |||||||||||||||||||||
| Course Litterature | |||||||||||||||||||||
| Principles and application of Soil Microbiology. D.M. Sylvia et al. 1998. Prentice-Hall. Der udleveres supplerende oversigtartikler og primære, videnskabelige artikler. | |||||||||||||||||||||
| Course Coordinator | |||||||||||||||||||||
| Jan Sørensen, jan@life.ku.dk, Department of Agriculture and Ecology/Section of Genetics and Microbiology, Phone: 35332626 | |||||||||||||||||||||
| Study Board | |||||||||||||||||||||
| Study Committee NSN | |||||||||||||||||||||
| Course Scope | |||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||