| Responsible Department | Department of Plant Biology and Biotechnology
45 % Department of Basic Science and Environment 22 % Department of Basic Animal and Veterinary Sciences 33 % | ||||||||||||||||
| Earliest Possible Year | BSc. 3 year | ||||||||||||||||
| Duration | One block | ||||||||||||||||
| Credits | 7.5 (ECTS) | ||||||||||||||||
| Level of Course | BSc | ||||||||||||||||
| Examination | Final Examination oral examination Some Aid allowed Description of Examination: De studerende får en opgave som udleveres onsdag eftermiddag i den sidste undervisningsuge. De studerende udarbejder individuelt en kort PowerPoint-præsentation, som afleveres den efterfølgende tirsdag morgen i eksamensugen. Til den mundtlige eksamen får den studerende 10 minutter til at fremlægge sin opgave, efterfølgende vil de blive eksamineret 10 minutter i opgaven og generelt i pensum Weight: mundtlig eksamen 100% 7-point scale, internal examiner | ||||||||||||||||
| Requirement for Attending Exam | En PowerPoint præsentation af eksamensopgaven | ||||||||||||||||
| Organisation of Teaching | Pr uge vil der i gennemsnit være 2-3 dobbelte forelæsninger, selvstændigt arbejde med teoretiske øvelser, gruppediskussioner og 2-3 computerøvelser | ||||||||||||||||
| Block Placement | Blok 1 Week Structure: C | ||||||||||||||||
| Language of Instruction | Danish | ||||||||||||||||
| Optional Prerequisites | 210005 Statistical Data Analysis 1 | ||||||||||||||||
| Course Content | |||||||||||||||||
| Kurset er inddelt i 9 blokke: Databaser Sequence alignments, pairwise og multiple aligments og BLAST Fylogeni og bootstrapping DNA mikroarrays, transkriptionelle netværk, clustering og forsøgsdesign Proteomics i relation til bioinformatik Klassifikation af 3D-proteinstrukturer, sekundær struktur forudsigelse og 3D-struktur (komparativ) modellering Genom annotering og gene finding (protein kodende) Motiv søgning RNA foldning og struktur | |||||||||||||||||
| Teaching and learning Methods | |||||||||||||||||
| Pr uge vil der i gennemsnit være 2-3 dobbelte forelæsninger, selvstændigt arbejde med teoretiske øvelser, gruppediskussioner og 2-3 computerøvelser | |||||||||||||||||
| Learning Outcome | |||||||||||||||||
| Kursets hovedformål er at uddanne de studerende til at forstå grundlæggende bioinformatiske metoder og deres anvendelsesmuligheder. Der er lagt vægt på hands-on erfaring samt at der opnås en grundlæggende forståelse for de bagvedliggende principper, således at de studerende bringes i stand til at de udnytte de enorme mængder tilgængelige data til at opnå biologisk viden og til at kunne forholde sig kritisk til resultater opnået ved brug af bioinformatiske metoder. Når kurset er færdigt forventes den studerende at: Viden: - kunne beskrive opbygning af molekylære og proteinstrukturdatabaser - have viden om Gene Ontologies - kunne beskrive grundlæggende love og principper for de mest udbredte bioinformatiske metoder til parvis og multiple sekvenssammenligning, fylogeni, detektion af sekvensmotiver, (herunder f.eks. bindingsites i promotorer) - have kendskab til script sproget PERL til processering af data fra webservere og andre programmer - have kendskab til principper i gen findning af protein kodende og ikke-kodende RNA gener - have kendskab til principper i genom analyse - have kendskab til principper i motiv søgning - have kendskab til principper i RNA foldning - kunne beskrive grundlæggende principper for klassifikation af proteiners 3D strukturer og -modellering - have viden om transkriptionelle netværk og clustering - have viden om design af DNA mikro arrays forsøg Færdigheder: - søge viden i eksisterende molekylære og proteinstrukturdatabaser og genome browers - udføre parvise og multiple sammenligninger af sekvenser - udføre clustering af DNA mikro arrays data. - fremstille og forstå fylogenetiske træer - søge efter og identificere sekvensmotiver - udføre grundlæggende genomanalyse - grundlæggende håndtering af data ifbm sekvens assembly/read mapping - søge efter bindings motiv i DNA - søge efter ikke-kodende RNA gener - udføre grundlæggende RNA (2D) foldning - søge viden i og bruge eksisterende transcriptomics databaser - søge viden i og bruge eksisterende proteomics databaser - fremstille 3D-protein strukturer baseret på computerbaseret komparativ modellering Kompetancer: Forholde sig kritisk til valg af og brug af bioinformatiske værktøjer baseret på en forståelse af de grundlæggende principper bag bioinformatik. | |||||||||||||||||
| Course Literature | |||||||||||||||||
| Understanding bioinformatics, Zvelebil and Baum, Garland Science (ISBM 0815340249) | |||||||||||||||||
| Course Coordinator | |||||||||||||||||
| Søren Bak, bak@life.ku.dk, Department of Plant Biology and Biotechnology/Section for Plant Biochemistry, Phone: 353-33346 | |||||||||||||||||
| Study Board | |||||||||||||||||
| Study Committee NSN | |||||||||||||||||
| Work Load | |||||||||||||||||
| |||||||||||||||||